Y avait eu un dossier là-dessus (sur Poppyto en tout cas).
En gros, la logique c'est de mettre les effets les plus importants en premier (wha, distos) car ils marquent plus le son, puis les effets avec moins d'importances sonores (chorus, flanger) puis les reverb et consorts.
Ce système est utile quand on utilise plusieurs effets en même temps, car prenons l'exemple d'une wha et d'une disto:
La wha en premier et la disto ensuite: le son est d'abord "whawhatisé" puis distordu: ce sera donc le son clean+whawha qui sera distordu.
La disto en premier et la wha ensuite: là, le cas est inverse, le son est distordu puis passe dans la wha. Ca veut dire que les particularités de la disto sont également en whawha (même le bruit de fond!).
En bref, il y a des assemblages de base plus pratiques, genre Noise Gate en fin de chaine pour diminuer tous les bruits de fond, où bien avant une fuzz pour éliminer tout bruit de fond provenant de la guitare...