De mon point de vue, si on est sur une grille en Mi phrygien, la tonalité n'est pas en Do mais en Mi. La tonalité est définie par le centre tonal, soit la note vers laquelle les autres notes de la gamme convergent.
Sur une grille en Mi phrygien, la Tonalité est donc Mi mineur (le mode phrygien étant mineur).
Et sur une grille en Mi mixolydien, la tonalité est Mi majeur (le mode mixo étant un mode majeur dominant). C'est le cas de ce BT, si je me souviens bien.
C'est comme ça que je vois les choses mais je ne suis pas complètement sûr de ce que j'avance. Mieux vaut demander à Poppy pour être sûr 
Après, sur une grille II-V-I en Do majeur (oui, le jazz c'est bien), on peut effectivement jouer Ré dorien sur le II, Sol Mixo sur le V et Do ionien sur le I. Mais dans le cas présent, le centre tonal est Do, donc la tonalité sera toujours en Do.
Les modes (dont parle zoerm) sont en fait des gammes relatives (mêmes notes mais axe tonal différent)
EDIT : juste un petit détail qui me chiffonne. Ce n'est pas la structure qui est la même, ce serait plutôt le schéma des notes sur le manche. Parler de structure, c'est un peu dangereux puisque les structures harmoniques de Sol ionien et La dorien sont complètement différentes. Tonique-seconde-tierce-etc... tout est décalé d'un mode à l'autre.
