Ta question est légitime mais ton exemple est pas pertinent car les pacifia sont de bonne grattouille pour pas cher et les fenders ... c'est aléatoire selon les années , le lieux de fabrication etc ....
Tu demandais c'est quoi une bonne lutherie , ça dépend de pleins de facteurs différent :
-le son : comme disait Night les fréquences à vide sont + jolies et surtout mieux équilibrées qu'importe les essences de bois utilisées.Une guitare bas de gamme c'est bien souvent un gros paquet d'aigu perçant et pas de grave.
-Le comportement de la lutherie : une bonne lutherie bougera quasi peu dans le temps et aux divers changements climatique, quand t'es pro et que tu tournes ça peu être important que la lutherie bouge le moins possible (réglage de l'action des cordes)
-La fabrication : une guitare bas de gamme sera moins précise lors de sa conception , pour un manche vissé il se peut qu'il y ai du jeu entre le corps et le manche donc moins de sustain , il y a aussi les défonces de conforts.Beaucoup de manche bas de gamme sont aussi construit en 5 pièces contre 3 pour du milieu de gamme et 2 voir 1 pour du haut de gamme (c'est une généralité, certains modèles me feront mentir)
-Le temps de séchage des bois a aussi son importance : bas de gamme = sécher au four , haut de gamme séchage naturel sur plusieurs années (donc endroit conséquent pour le stockage que tu paiera dans le prix final de la gratte)
-Reglages d'usine de l'instrument : action des cordes , planification et ébavurage des frettes, réglage du manche etc ....
Pourquoi souvent les gens deconseillent le changement de micro , ça ,ça depend de pleins de choses aussi 
-La décote de l'instrument : + c'est bas de gamme + ça perd en valeur a la revente et toute modif aussi bien soit elle fera monter de peu la cote de l'instrument, donc l’investissent en € en vaut pas toujours le coup.
-Ensuite y'a les kékés qui savent pas choisir de micros correctement et qui veulent a tous prix du duncan ou di marzio pour la frime par ex, alors que c'est pas forcement le choix le + judicieux selon la lutherie à retravailler.Pour bien choisir il faut jouer et rejouer la guitare à vide , voir ce qui te plait et ce que tu sacs pas pour choisir les micros qui viendront équilibré tout ça.
Sur du bas/moyen gamme pour que le changement de micros soit valable , change toute l'electronique (potards, cable, blindage) si tu poses tes micros sur de la daube ... ça fera pas grand chose .Et tu dois avoir un bon ampli qui retranscrit bien les diverses nuances de son de ta pelle et de ton jeu, sinon c'est pas la peine non +.
-Et le gros mouton qui répète bêtement ce qu'il entend ou lit
Et puis après le son ultime c'est quelque chose de personnel, personne pourra te dire si une pelle sonne mieux ou pas, seul tes oreilles te le diront, juste n'oublies pas qu'une bonne guitare c'est pas que le son , c'est aussi le confort et les réglages.
Good luck
